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  • ·常規信息
    基因(座)名稱直立型密穗基因;小圓粒種基因
    dense and erect panicle2
    基因符號DEP2; EP2; SRS1
    所在染色體7 (已克隆)

    小圓粒基因srs1(Abe et al. 2010) 與直立型密穗基因DEP2(Li et al. 2010)和EP2(Zhu et al. 2010) 是同一個基因位點。

    SRS1/DEP2 不僅調控水稻穗型,而且參與調節種子大小的調節。SRS1/DEP2 主要在幼嫩組織如幼穗中表達。突變體srs1/dep2 表現為直立穗、小圓粒種的表型(Abe et al. 2010; Li et al. 2010; Zhu et al. 2010)。

    【基因克隆與生物學功能分析】

    DEP2 含有10 個外顯子,編碼一個由1365 氨基酸組成的蛋白產物。測序發現dep2-1 的第6 外顯子有31 個堿基的缺失,dep2-2 的第2 內含子有一個G/A 的顛換。31 個堿基的缺失導致編碼框移動,而G/A 的顛換改變了第2 內含子的編輯位置,進而移碼(Li et al., 2010)。

    【相關登錄號】
    cDNAs及其產物:GQ449684
    參考基因組位點:Os07g0616000(RAP-DB, Gramene←→ LOC_Os07g42410(本地MSU-RGAP
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    ·遺傳(物理)圖譜
    #圖譜名稱連鎖群開始位置終止位置
    1日本晴序列注釋圖譜(2008)72604185526049689
    ·ONTOLOGY及相關基因
    表型特征籽粒大小(TO:0000397), 穗密度和形狀(TO:0020001)
    ·參考文獻
    1Yuki Abe;Keiko Mieda;Tsuyu Ando;Izumi Kono;Masahiro Yano;Hidemi Kitano;Yukimoto Iwasaki
      The SMALL AND ROUND SEED1 (SRS1/DEP2) gene is involved in the regulation of seed size in rice
      Genes & Genetic Systems, 2010, 85(5): 327-339
    2Feng Li;Wenbo Liu;Jiuyou Tang;Jinfeng Chen;Hongning Tong;Bin Hu;Chunlai Li;Jun Fang;Mingsheng Chen;Chengcai Chu
      Rice DENSE AND ERECT PANICLE 2 is essential for determining panicle outgrowth and elongation
      Cell Research, 2010, 20(7): 838-849
    3Keming Zhu;Ding Tang;Changjie Yan;Zhengchang Chi;Hengxiu Yu;Jianmin Chen;Jiansheng Liang;Minghong Gu;Zhukuan Cheng
      ERECT PANICLE2 Encodes a Novel Protein That Regulates Panicle Erectness in Indica Rice
      Genetics, 2010, 184(2): 343-350
    4S. TANABE;K. MIEDA;M. ASHIKARI;H. KITANO and Y. IWASAKI
      Mapping of Small and Round Seed 1 gene in rice
      Rice Genetics Newsletters, 2007, 23: 44-47
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