·常規信息 最近更新:2020年10月20日 6:42:00 | |||||||||||
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基因(座)名稱 | 半矮稈基因 dee-geo-woo-gen dwarf | ||||||||||
基因符號 | sd1; OsGA20ox2; qSD1-2 | ||||||||||
所在染色體 | 1 (已克隆) | ||||||||||
sd1 控制水稻的株高,該位點的突變導致水稻不同程度的矮化。截至目前至少已經發現sd-1 位點上5個不同等位基因,分別是來自野生型的等位基因、來自Deo-geo-woo-gen及其衍生種的sd1-d、來自Reimei的sd1-r、來自Calrose76的sd1-c、來自Jikkoku的sd1-j。 sd-1 定位在水稻第1 染色體上,對應于日本晴測序圖譜的位置(5'-3')在38381423 - 38384165 區間(Rice Genome Annotation Project)。 sd1參與赤霉素的生物合成,編碼由389個氨基酸組成的GA20氧化酶(GA20ox)。GA20ox是赤霉素合成途徑中的關鍵酶,催化GA53轉換為GA20。 2002年,3個研究小組先后發表了圖位克隆水稻“綠色革命”基因sd-1的論文。sd-1是由3個外顯子和2個內含子組成的開放閱讀框(open reading frame, ORF),編碼由389個氨基酸組成的GA20氧化酶。盡管克隆的是同一基因,但可能由于方法與材料的差別,各外顯子和內含子包含的堿基對數目略有不同。 Monna等的研究報道表明:日本晴、Sasanishiki和Calrose等正常野生型水稻的3個外顯子大小分別是558、318和291bp,2個內含子分別為105和1471bp;DGWG型半矮稈種IR24、Habataki和Milyang 23從外顯子1中部起有383bp的缺失,包括外顯子1和2的278bp序列及105bp的內含子;Calrose76為外顯子2中編碼第265位氨基酸的CTC突變為TTC,導致Leu(亮氨酸)突變為Phe(苯丙氨酸)。
Spielmeyer等的報道認為野生型水稻sd1等位基因的3個外顯子大小分別為557、322和291bp;DGWG型秈稻半矮稈品種Doongar在GA20ox2編碼區(外顯子1和2)缺失了280bp;矮稈品種"Calrose 76"中亦是編碼第266氨基酸的CTC突變為TTC,導致Leu(亮氨酸)突變為Phe(苯丙氨酸)。 qSD1-2調控水稻胚乳強制休眠和株高(Ye et al. 2015)。 【相關登錄號】
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·ONTOLOGY及相關基因 | |
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表型特征 | 莖稈長度(TO:0000576), 赤霉素敏感性(TO:0000166), 種子休眠性(TO:0000253), 耐淹性(TO:0000524) |
分子功能 | GA20氧化酶活性(GO:0045544) |
生物進程 | 細胞伸長(GO:0009826), 赤霉素生物合成(GO:0009686), 種子萌發(GO:0009845), 節間發育(GO:0080006), 種子休眠(GO:0010162) |
形態構造 | 莖稈(PO:0009047), 分蘗期(GRO:0007049), 拔節期(GRO:0007048) |
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